Encontrar la historia del origen del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de casi 3,9 millones de muertes en todo el mundo, se ha visto obstaculizado en gran medida por la falta de acceso a la información de China, donde aparecieron los primeros casos.
Ahora, un investigador en Seattle ha desenterrado archivos eliminados de Google Cloud que revelan 13 secuencias genéticas parciales para algunos de los primeros casos de COVID-19 en Wuhan, informó Carl Zimmer para el New York Times.
Las secuencias no inclinan la balanza hacia o lejos de una de las muchas teorías sobre cómo surgió el SARS-CoV-2 —no sugieren que el virus se filtró de un laboratorio de alta seguridad en Wuhan, ni un evento de propagación de origen natural—. Pero sí reafirman la idea de que el nuevo coronavirus circulaba antes del supuesto primer brote importante en un mercado mojado.
Para determinar exactamente cómo y dónde se originó el virus, los científicos deben encontrar el llamado virus progenitor, aquel del que descienden todas las demás cepas.
Hasta ahora, las primeras secuencias son principalmente las que se tomaron como muestra de casos en el mercado de mariscos de Huanan en Wuhan, que inicialmente se pensó que era el lugar donde surgió el nuevo coronavirus a fines de diciembre de 2019.
Sin embargo, los casos de principios de diciembre y noviembre de 2019 no tenían vínculos con el mercado, lo que indica que, bastante temprano en la pandemia, el virus surgió de otro lugar.
Oficial de policiía custodia una entrada al mercado mojado de Wuhan, donde se dice comenzó la pandemia. Energo 24, 2020.
Crédito: © HECTOR RETAMAL/AFP.
Hubo un problema molesto con esas primeras secuencias genéticas.
Los de los casos encontrados en el mercado incluyen tres mutaciones que faltan en las muestras de virus de casos que aparecieron semanas después fuera del mercado.
Los virus a los que les faltaban esas tres mutaciones coincidían más estrechamente con los coronavirus que se encuentran en los murciélagos de herradura.
Los científicos están relativamente seguros de que el nuevo coronavirus surgió de alguna manera de los murciélagos, por lo que es lógico suponer que al progenitor también le faltarían esas mutaciones.
Y ahora, Jesse Bloom del Instituto Médico Howard Hughes en Seattle descubrió que las secuencias eliminadas —probablemente algunas de las primeras muestras— también carecían de esas mutaciones. (Bloom es el autor principal de una carta publicada en mayo en la revista Science que insta a una investigación imparcial sobre los orígenes del coronavirus).
«Son tres pasos más similares a los coronavirus de murciélago que a los virus del mercado mojado de Huanan», dijo Bloom.
«Estos nuevos datos sugieren que el virus estaba circulando en Wuhan mucho antes».
«Este hecho sugiere que las secuencias del mercado, que son el foco principal de la epidemiología genómica en el informe conjunto OMS-China, no son representativas de los virus que circulaban en Wuhan a fines de diciembre de 2019 y principios de enero de 2020», escribió Bloom en su artículo subido el 22 de junio a la base de datos de preimpresión bioRxiv.
Médicos del Hospital Zhongnan de la Universidad de Wuhan atienden a un paciente de Covid en enero de 2020.
Crédito:: Xiong Qi/Xinhua, vía AP.
Según Zimmer, hace aproximadamente un año, 241 secuencias genéticas de pacientes con coronavirus habían desaparecido de una base de datos en línea llamada Sequence Read Archive que mantienen los Institutos Nacionales de Salud (NIH).
Bloom notó las secuencias faltantes cuando se encontró con una hoja de cálculo en un estudio publicado en mayo de 2020 en la revista PeerJ en el que los autores enumeran 241 secuencias genéticas de SARS-CoV-2 hasta fines de marzo de 2020; las secuencias eran parte de un proyecto de la Universidad de Wuhan llamado PRJNA612766 y supuestamente se cargaron en Sequence Read Archive.
Buscó las secuencias en la base de datos del archivo y recibió el mensaje «No se encontraron elementos», escribió Bloom en el artículo bioRxiv, que no ha sido revisado por pares.
Su investigación reveló que las secuencias eliminadas habían sido recopiladas por Aisu Fu y el Hospital Renmin de la Universidad de Wuhan, y una preimpresión de la investigación publicada a partir de esas secuencias (referidas como Wang et al.2020) sugirió que provenían de muestras de hisopos nasales de pacientes ambulatorios con sospecha de COVID-19 al comienzo de la epidemia.
Dr. Jesse Bloom. Bloom no pudo encontrar ninguna explicación de por qué se habían eliminado las secuencias, y sus correos electrónicos a los dos autores correspondientes para preguntar no recibieron respuesta.
«No hay una razón científica plausible para la eliminación: las secuencias son perfectamente concordantes con las muestras descritas en Wang et al. (2020a, b)», sentenció Bloom.
«No hay correcciones en el documento, el documento indica que se obtuvo la aprobación de los sujetos humanos y la secuenciación no muestra evidencia de contaminación de plásmido o muestra a muestra.
Por lo tanto, parece probable que las secuencias se hayan eliminado para ocultar su existencia».
Bloom señala varias limitaciones a su estudio, principalmente que las secuencias son solo parciales y no incluyen información para dar una fecha clara o lugar de recolección —información crucial para rastrear el virus hasta su origen—. Independientemente, Bloom cree que examinar más a fondo los datos archivados de los NIH y otras organizaciones, y reconstruir las secuencias, podría ayudar a pintar una imagen más clara del origen y la propagación temprana del SARS-CoV-2, todo sin necesidad de estudios de campo en China.
Fuente: ScienceAlert. Edición: MP.
Juan Canadell.
